Pirmuosius Zyplių dvaro istorijos puslapius parašė paskutiniojo Lietuvos–Lenkijos karaliaus sūnėnas, kunigaikštis Juozapas Poniatovskis, garsėjęs savo drąsa ir neeiliniais žygiais. Už nuopelnus kare, pats Napolenas 1807 metais perleido didikui valdyti Veliuonos seniūniją, kuriai priklausė ir Zyplių valdos. J. Poniatovskis buvo gerbiamas visuomenės veikėjas ne tik dėl žinomos giminės pavardės, bet ir polinkio į mokslą, domėjimosi prancūzų laisvės idėjomis. Nors Zypliai J. Poniatovskio nuosavybėje buvo mažiau nei dešimtmetį, per šį laikotarpį suteiktas akstinas kilti vietos žemės ūkiui, įvestas Napoleono civilinis kodeksas, pagerinta valstiečių padėtis, atleidžiant juos nuo baudžiavos.
Po kunigaikščio žūties, Zypliai lūkuriavo stipraus šeimininko, kol įpusėjus XIX amžiui Polocko gubernijos dvarininkas Jonas Bartkovskis šalia Lukšių pasistatydino naują dvarelį, apsuptą žaliuojančiu parku.
Dabartinę dvaro ansamblio kompoziciją sukūrė 1891–1912 metais jį valdęs grafas Tomas Potockis. Dvarininkas perstatė pagrindinį pastatą jį praplėsdamas, vėliau tapusiu itin retai sutinkamais Lietuvoje neobarokinių dvarų sodybų rūmais. Iki šių dienų išliko 11 dvaro ansamblį sudarančių pastatų – virtuvė, dvi oficinos, vežiminė, svirnas, arklidė ir kiti.
T. Potockis buvo imlaus būdo, nuolat domėjosi naujovėmis, sekė pasaulio tendencijas, Vakarų Europoje pritaikytais atradimais, dalį kurių perkėlė ir į Zyplius.
Anas dienas, kuomet per Zyplius dardėdavo karietos, o skrybėlė buvo neatsiejama kasdienėje aprangoje, kaip ir medžių paunksmėse keltos puotos, šiandien lankytojams primena ne tik gražuolis parkas, bet ir naujam gyvenimui prikelti dvaro mūrai su restoranu „Kuchmistrai“ bei viešbučiu „Zyplių dvaro oficina“.